Το Εργαστηριακό Κέντρο παρόλο που είναι μια αυτοδύναμη διοικητική μονάδα, εκπαιδευτικά και παιδαγωγικά συνεργάζεται απόλυτα με τις αντίστοιχες εκπαιδευτικές μονάδες που εξυπηρετεί, μιας και διεξαγάγει το εργαστηριακό μέρος της εκπαιδευτικής διαδικασίας των αντίστοιχων σχολικών μονάδων. Επιπλέον το μαθητικό δυναμικό και το εκπαιδευτικό προσωπικό του Σχολικού Εργαστηριακού Κέντρου αποτελείται απ? το μαθητικό δυναμικό των Σχολικών μονάδων που εξυπηρετεί και το μέρος των εκπαιδευτικών των αντίστοιχων Σχολικών Μονάδων που πραγματοποιούν τα Εργαστηριακά μαθήματα.